《云南省深化醫藥衛生體制改革的實施意見》經過研究、修訂，于4月30日在省政府網站上公示，公示期到5月20日。在廣泛征求社會各界意見的基礎上，將進行修改完善，預計從2009年到2011年，各級政府將增加醫療衛生投入約400億元。

    經費保障是醫改的焦點問題之一，方案明確了各級政府在提供公共衛生和基本醫療服務中的主導作用。各級政府都要逐步提高政府衛生投入占衛生總費用的比例，明顯減輕居民個人基本醫療衛生費用負擔，政府衛生投入增長幅度要高于財政經常性支出的增長幅度，使政府衛生投入占經常性財政支出的比重逐步提高。

    對專業公共衛生機構的建設和運行經費（含人員工資、公用經費和業務費），將由政府全額安排。對其行政事業性經費（含納入財政專戶管理的預算收入和納入預算管理的行政性收費）應按收支兩條線管理辦法嚴格管理。并逐步提高人均公共衛生經費，健全公共衛生服務經費保障機制。

    對公立鄉鎮衛生院和政府舉辦的社區衛生服務中心、站，其基本建設、設備購置、維修改造、人員經費和日常維持運轉費用按國家規定核定核撥，離退休人員經費由政府預算或社會養老保險予以保障，開展公共衛生工作所需業務經費由政府核撥。

    政府積極支持村衛生室建設，并對鄉村醫生提供的公共衛生服務給予適當補助。民辦社區衛生服務中心（站），承擔公共衛生服務任務部分，由政府給予適當補助。各級政府要提供資金支持新型農村合作醫療、城鎮居民基本醫療保險、城鎮職工基本醫療保險和城鄉醫療救助制度的建立、運行和完善，尤其是對于經辦人員、經辦成本要給予重點保障。并根據經濟發展情況逐步提高補助水平。

    在財政補助方式上，將完善政府所屬公立醫療機構財政補償機制。各級財政對政府所屬公立醫療機構的補助由按人員數或床位數補助轉變為專項補助，主要用于基本建設和設備配置、扶持重點學科發展和符合國家規定的離退休人員費用和補助政策性虧損，對突發事件救治、發展社區衛生服務、貧困患者醫療救治、人才培養、支農、支邊、援外等給予專項補助。對中醫（民族）醫院、傳染病院、精神病院、職業病防治院、婦產醫院、兒童醫院等在投入政策上給予適當傾斜。同時，建立醫療機構收治無主、貧困、突發事件患者專項醫療補助制度。