當事人的舉證責任，按照我國《民事訴訟法》及最高院的“證據規則”所規定。依其一般規則，系由主張方當事人承擔該證明責任。所謂舉證責任倒置，是指：指基于法律規定，將通常情形下本應由提出主張的一方當事人就某種事由不負擔舉證責任，而由他方當事人就某種事實存在或不存在承擔舉證責任，如果該方當事人不能就此舉證證明，則推定原告的事實主張成立的一種舉證責任分配制度。舉證責任倒置屬于民事訴訟舉證規則中的特例。關于加班工資的舉證責任在司法實踐中一直存在爭議，主流觀點認為根據“誰主張誰舉證”的原則，應由勞動者承擔舉證責任;也有觀點呼吁，對于此類案件應堅持保護弱勢群體的原則，實行舉證責任倒置。其實無論采用哪種觀點，都存在一定的弊端。如果堅持由勞動者承擔舉證責任，那么勞動者可能因無法舉證而難以維護自身權益。但如果由用人單位承擔舉證責任，則可能在舉證責任的分配上明顯不公，從而加重用人單位的訴訟風險。因此，在加班工資的舉證責任分配上，司法面臨著兩難選擇。

　　法律應平等保護公民和法人。勞動者和用人單位在民事法律關系上是平等主體，勞動者的權益要保護，用人單位的權益同樣也要保護。如果僅僅因為勞動者是弱勢群體，就片面地加重用人單位的舉證責任，不僅有違法律的公平精神，也會使勞動力供求雙方的矛盾加劇。新公布的司法解釋在加班工資的舉證責任分配上適當減輕勞動者的舉證責任，是在兩難選擇中求得相對的平衡。由于勞動者所能提供的加班證據極其有限，這類證據大都由用人單位持有，勞動者很難取得。在這種情況下，由勞動者舉證證明其加班天數及加班費數額的多少，將置勞動者于不利之地。反之，若將加班費列入舉證責任倒置的范圍，由用人單位舉證，當用人單位不提供加班證據或提供不出否認加班事實的證據，則推定勞動者所稱的加班事實成立，這樣既缺乏法律依據，也會誘使勞動者不顧客觀實際隨意主張加班費。